Στο πλευρό του συγκεντρώνονταν όλο και περισσότεροι αγρότες, ενώ οι απόψεις του υποστηρίχτηκαν και από πολλούς διανοούμενους, που συνέδεσαν τις θεωρίες του με αυτές του Καρλ Μαρξ. Μετά την καταστολή της εξέγερσης του Μαδέρο, το Φεβρουάριο του 1913, ο Ζαπάτα ένωσε τις δυνάμεις του με αυτές του Πάντσο Βίλα στο βορρά και συνέχισε τον αγώνα του, ακόμα κι όταν έπεσε η δικτατορία του Ντίας. Μαζί κατέλαβαν τρεις φορές την πόλη του Μεξικού, αλλά αναγκάστηκαν να υποχωρήσουν.

Στις 10 Απριλίου του 1919 ο Ζαπάτα έπεσε θύμα ενέδρας. Εκτελέστηκε εν ψυχρώ από τις κυβερνητικές δυνάμεις, κατά τη συνάντησή του με έναν στρατηγό που υποτίθεται ότι ήθελε να προσχωρήσει στην επανάσταση.

Για τους εχθρούς του, ο Εμιλιάνο Ζαπάτα υπήρξε ένας ακραίος μηδενιστής και οι ενέργειές του είχαν ως μοναδικό σκοπό τη ληστεία. Για τους αυτόχθονες λαούς, υπήρξε σωτήρας και ήρωας της επανάστασης. Έγινε θρύλος ενώ ζούσε ακόμη. Αναρίθμητες ιστορίες και τραγούδια γι’ αυτόν λέγονται ακόμη και σήμερα, ενώ ο τάφος είναι ένα από τα πιο σεβάσμια μνημεία για τους ιθαγενείς του Νότιου Μεξικού.